１９８０年美軍特種部隊實施的“沙漠一號”行動（營救被伊朗扣壓的美國使館人質的行動）因文職領導人直接干預而慘敗後，美國領導人終於承認，文人畢竟是文人，再也不能幹越祖代向的事了。該由軍人決定的事就得由軍人決定。最後，他們很不情願地接受了“任務式命令”這一新理論。１９８６年通過的《戈德華特一尼科爾斯法》最終確認了各聯合作戰司令部司令對戰區所有部隊的指揮權，大大減少了總統與各大總部司令之間的指揮層次，以法律的形式認可了“任務式命令”理論。當前，美軍常設的高層指揮系統分為國家軍事指揮系統和聯合作戰司令部指揮系統兩級。美軍最高統帥機關是由總統和國防部長組成的國家最高指揮當局，其指揮流程是：總統和國防部長的命令由參聯會主席通過國家軍事指揮系統下達給各聯合作戰司令部司令，再由聯合作戰司令部司令負責具體指揮事宜。最高指揮當局和聯合作戰司令部（總部）對作戰部隊有指揮權，參謀長聯席會議及其主席無作戰指揮權，但為兩者聯繫的橋梁和紐帶。當然，在特殊情況下，最高指揮當局也可以超級指揮一線部隊。國家軍事指揮系統是支撐國家最高指揮當局在平時和戰時指揮美國武裝力量的系統，其特點是生存能力高，能確保對全軍部隊實施連續的、不間斷的和即時的指揮和控制。它主要由三個作戰指揮中心組成，即：國家軍事指揮中心，成立於１９６２年１０月，設在五角大樓內，是國家最高指揮當局的基本指揮所；國家預備軍事指揮中心，１９５５年建於華盛頓市以北７０英里賓夕法尼亞州和馬里蘭州交界處的雷文洛克山，是國家軍事指揮中心的備用地下指揮所；國家空中作戰中心，設在內布拉斯加州的奧弗特空軍基地，由４架Ｅ—４Ｂ型飛機組成，稱為“尼普卡”，當國家指揮當局登上“尼普卡”時，該中心就成為美軍主要指揮所。聯合作戰司令部是美軍高級指揮機構，通常按戰區或專業職能劃分，均由多軍種部隊組成。根據１９８６年《戈德華特一尼科爾斯法》，“聯合作戰司令部”是指“負有範圍廣泛、連續性強的任務，並由兩個以上軍種的部隊組成的軍事司令部”。該法賦予了聯合作戰司令部司令官廣泛的權力，包括對戰鬥部隊享有絕對控制權、作戰指揮權、部隊部署權、任免下級軍官權，以及對戰區內的後勤保障有完全的控制權，同時有權決定向戰區部署部隊與裝備的優先次序。
目前，美軍共設有９個聯合作戰司令部。其中５個為地區性司令部，４個為專業職能性司令部。５個地區性司令部分別是大西洋總部，設在佛吉尼亞州諾福克，轄區包括挪威、格陵蘭、巴倫支海、加勒比海及中美洲以西的太平洋海域，１９９３年１２月擴建後成為美軍最大的聯合司令部，下轄陸軍部隊司令部、空軍空中作戰司令部、大西洋艦隊司令部、大西洋陸戰隊司令部和大西洋特種作戰司令部。太平洋總部，設在夏威夷瓦胡島史密斯管地，轄區為從美洲西海岸到非司令部。轄空中機動、軍事海運和軍事交通管理三個司令部。
除上述兩級高層指揮系統外，美國為確保本土安全，還專門設立了本土防空作戰指揮機構，即“北美航空航太防禦司令部”。該司令部負責統一指揮美國本土上航空航太防禦部隊和加拿大防空部隊，司令由美國航太司令部司令兼任，加拿大空軍司令任副司令。下轄７個防空區司令部（美國本土４個、阿拉斯加１個、夏威夷１個、加拿大１個）。其指揮系統由預警系統、指揮與控制系統和民防警報系統組成。預警系統按職能又分為轟炸機預警系統、彈道導彈預警系統和空間探測與跟蹤系統。轟炸機預警系統分三線部署：一是遠端預警（“北方預警系統”），由５４個雷達站組成，可提供對轟炸機或巡航導彈攻擊北美的戰術預警；二是近程預警，沿美加邊境的北緯４９度線部署２４個雷達站，探測距離達８００千米，可在敵機進入美領空前２０分鐘發出警報；三是空中預警，由Ｅ—３Ｃ空中預警機擔任，該機能在９２００米以上高空發現和跟蹤高度在１．８３萬米、距離５５０千米以內的６００個目標。一架預警機的工作效率相當於７個雷達站。除這三線系統外，美本土４個防空區還部署了“聯合監視系統”，由１０個軍用雷達站和３６個民航雷達站組成，能探測美本土及其周圍３２０千米範圍內的空域。彈道導彈預警系統由北方彈道導彈預警系統、潛射彈道導彈預警系統和預警衛星資料系統組成。空間探測與跟蹤系統由空軍空間跟蹤系統和海軍空間監視系統組成，任務是全面掌握繞地球運行的各種飛行體。
指揮與控制系統由北美航空航太防禦司令部縣延山航太防禦作戰中心和各防空區作戰控制中心兩部分組成。前者建成於１９６６年４月，內部設施齊全，生存能力極強，主要包括作戰指揮中心（負責空間防禦作戰的全面指揮與控制）、空間防禦作戰中心（負責全球空間探測與跟蹤系既）和計算中心（通過電子電腦對收集到的各類情報進行處理與分發）循者為各防空區作戰指揮所，負責自動收集和處理空情，掌握本防區空情動態，識別來襲目標並指揮部隊進行攔截作戰。
民防警報系統由民防局負責領導、指揮和協調，分為全國警報中心、分區警報中心、州各報站和地方警報分站四級。其發布穀報的程式是：北美航空航太防禦司令部作戰指揮中心獲取空襲情報後，在３０秒鐘內報告總統；然後根據總統的命令，通知全國民防卷報中心，由該中心通過全國警報系統在１５秒鐘內把空襲情報發到９８６個分區和州一級各報站；最後用７分鐘時間分別傳到５０００多個州以下地方警報分站，由分站通過警報器、汽笛、廣播等設備向公眾發佈警報。心（負責全球空間探測與跟蹤系既）和計算中心（通過電子電腦對收集到的各類情報進行處理與分發）循者為各防空區作戰指揮所，負責自動收集和處理空情，掌握本防區空情動態，識別來襲目標並指揮部隊進行攔截作戰。